Zona Boscosa:
La parte alta de la micro cuenca Santa Emilia, está cubierta en su mayor parte por vegetación nativa en muy buen estado, con especies como Otobos, cominos, laureles, Copachí, Alma Negra, Guayabos de monte, Cedros, Media caros, Roble y Caimos entre otros. En las partes más bajas, se encuentran especies de Heliconias, Helechos, Aráceas y numerosas hierbas de interior. Entre los árboles se destacan los Higuerones, Dragos, Balsos, Laureles, Corbones y Manzanillos.
En la parte baja y media del Parque se localizan gran cantidad de especies pioneras como Cedrillos, Higuerones, Yarumos, Camargos, Punta de Lanza, Nigüítos, Cafetos, Cordoncillos, Chilcos blancos, Heliconias y sietecueros (por encima de los 2000 m.) Las orquídeas y bromelias, también están bien representadas a lo largo y ancho de este importante Parque Natural.
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